一、为什么要对单克隆抗体进行De Novo测序？

在抗体药开发与研究中，获取全长抗体氨基酸序列是基础起点。然而，在以下情境中，常规的基因测序路径难以奏效：1、抗体仅有纯化蛋白，无法获得B细胞或mRNA；2、抗体来自外部渠道、文献报道或商业来源，缺乏原始序列信息；3、早期研发阶段或体内筛选出的克隆，需结构回溯验证；4、专利保护或一致性验证中，需要“看得见”的分子结构。此时，基于质谱的单克隆抗体De Novo测序成为科学的解决方案。该技术能够在没有参考序列的前提下，重建出抗体的轻链（LC）与重链（HC）全长序列，覆盖CDR区域，并辅助后续的重组表达与功能验证。

二、单克隆抗体De Novo测序的标准流程概览

1、抗体样本准备与质量评估

首先需要获得高纯度的抗体蛋白样本。建议提供≥20 µg的抗体溶液或清晰SDS-PAGE条带。如原样本为上清、血清等复杂背景，建议进行Protein A/G纯化或PAGE切胶纯化。百泰派克提供完整的上游处理服务，确保进入质谱分析前的样本质量稳定、背景低、杂蛋白干扰少。

2、多酶酶解策略设计

酶解是影响抗体序列覆盖度的关键因素。传统单一酶（如Trypsin）可能无法有效切割CDR区或疏水区，导致覆盖盲区。因此，项目将采用3~5种不同专一性的蛋白酶（如Trypsin、Chymotrypsin、AspN、LysC、GluC）进行并行消化。多酶联用能生成高重叠率、多角度切割的肽段集合，为后续拼接提供坚实基础。

3、LC-MS/MS高分辨率质谱采集

将不同酶解体系的肽段样品分批进行纳流液相色谱分离（NanoLC），并使用高分辨率质谱平台（如Orbitrap Fusion Lumos、timsTOF Pro等）进行串联质谱采集。通过HCD、CID、ETD等多种碎裂模式，获取肽段在MS/MS层面的b/y离子信息，为De Novo算法提供基础原始数据。

4、De Novo算法分析与序列拼接

采集到的MS/MS碎片图谱将被送入多个主流De Novo软件（如PEAKS Studio、Novor、pNovo等）进行肽段序列预测。随后结合人工审阅、结构模板对照及片段重叠关系，对抗体的轻链和重链进行全长序列拼接重建。CDR区、FR区、hinge区等关键功能域会被分别标注，特殊氨基酸如I/L（等质量异构体）也将人工确认。

5、翻译后修饰识别与注释（可选）

抗体蛋白常伴随糖基化、氧化、脱酰胺等翻译后修饰（PTMs），这些信息对表达系统选择、功能活性分析等有重要意义。项目可同时进行修饰识别模块分析，并在交付结果中提供修饰位点、修饰类型与可信度评分。

6、序列验证与表达模板构建（可选）

完成序列解析后，若客户有表达需求，百泰派克生物科技可进一步提供：

（1）cDNA序列反向翻译

（2）表达载体构建与合成

（3）CHO/293细胞瞬转表达验证

（4）ELISA、Western Blot等活性检测

从蛋白序列到功能抗体，一站式完成结构重建与功能复现，真正让测序结果可验证、可重组、可转化。

三、百泰派克在单克隆抗体De Novo测序中的优势

百泰派克生物科技将抗体De Novo测序标准化为一套严谨、高覆盖、高还原度的服务体系。我们的技术优势包括：

1、多酶协同体系优化：覆盖率可达95%以上，CDR全区段识别率＞98%

2、双平台并行质谱分析：Orbitrap × timsTOF组合，提高数据通量与准确性

3、自研算法+人工复核机制：提升拼接准确率，杜绝轻链/重链错配

4、修饰图谱同步解读：不仅得序列，更得修饰与结构功能信息

5、可选表达验证服务：从蛋白到功能的真实闭环，结果可靠可复现

我们已成功为抗体药企、科研院所、医院课题组等多个客户完成抗体重建、老抗体复现、抗原亲和抗体筛选、功能验证等项目，帮助其加快抗体工程进度或解决专利保护难题。单克隆抗体的结构解析，不应止步于序列获取，而应延伸到功能复现、工程设计和产业转化。De Novo测序作为连接实验样本与表达系统之间的桥梁，是目前唯一可实现“从蛋白直接还原全结构”的方法学。

百泰派克生物科技将持续通过高精度质谱平台、优化的实验流程和专家级数据分析，为您提供可信、高质量的抗体De Novo测序服务，助力您的抗体开发更加高效、透明、可

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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